Apesar de ser um sistema de saúde público, no Japão, diferentemente de alguns países latino-americanos, é preciso pagar 30% do custo total de um tratamento médico, seja no Seguro Nacional de Saúde (Kokumin Kenkoo Hoken) ou o seguro social para assalariados (Shakai Kenkoo Hoken). As crianças de 1 a 4 anos, dependendo da renda familiar, podem receber alguns subsídios municipais para aliviar a carga dos gastos médicos. Cada município tem seus critérios, mas é necessário inscrever as crianças na caderneta de saúde e que tenha à parte uma caderneta infantil (shooni iryoosho) para menores entre 1 e 3 anos de idade.
Aos aposentados com mais de 20 anos de contribuição ao seguro de saúde, até cumprir os 75 anos de idade, é entregue uma caderneta de seguro de saúde diferente (taishokusha iryoo seido) para que possam desfrutar de alguns benefícios. Para tratamento e internação, o titular do seguro paga somente 20%; o cônjuge paga 30% da consulta médica e 20% pela internação.
No caso de pessoas com mais de 75 anos (roojin hoken) a caderneta de saúde é trocada de forma que o portador pagará somente 10% do tratamento e internação. Em relação aos gastos de comida durante a internação, o assegurado deve pagar ¥ 780 por dia, mas se for uma pessoa de renda baixa (comprovado pela prefeitura) pode pagar entre ¥ 300 e ¥ 650.
Ainda no caso dos aposentados, se os gastos médicos superam ¥ 12 mil (¥ 72.300 no caso de internação) o valor pode ser devolvido. Por exemplo, se o paciente pagou ¥ 50 mil no mês por visitas médicas e remédios, poderá receber uma devolução de ¥ 38 mil.