A decisão de desviar parte dos recursos da pasta de Saúde para o programa Bolsa Família foi duramente criticada pelos deputados Claudio Cajado (PFL-BA), e pelo presidente da Frente Parlamentar da Saúde, deputado Rafael Guerra (PSDB-MG). Segundo os deputados, as perdas da Saúde vão ultrapassar R$ 4 bilhões em 2006. Rafael Guerra manifesta preocupação também com o congelamento das tabelas de pagamento do Sistema Único de Saúde (SUS) aos hospitais. Já Claudio Cajado alerta para o risco de a Saúde sofrer graves conseqüências, incluindo a falta de medicamentos.